El gran valor de la Eco reserva Mbatoví radica principalmente en su variedad, su fácil acceso y las posibilidades que ofrece para la realización de actividades de apreciación de la naturaleza y de educación ambiental, ya que tiene la particularidad de presentar una gran diversidad de ecosistemas y una excelente vista panorámica, pudiendo apreciarse desde allí hacia el sur el Cerro Santo Tomás, el Cerro Hu y el Cerro Peró, y al oeste el Valle de Pirayú y el Cerro Mbatoví.
La cobertura vegetal incluye comunidades naturales representativas que abarcan, desde cimas rocosas con vegetación rastrera, hasta desfiladeros con cauces de agua y exuberante vegetación; y la fascinante Laguna de las Garzas, situada en el Área de Bosquescuela.
Las márgenes de estos arroyos están pobladas por un bosque alto con individuos maduros, bien estratificados y con mucha regeneración natural, incluyendo más de un centenar de especies nativas, tales como cedro, ybyraró, yrundey, ybyrá pytá, tajy (lapacho), curupay, petereby, incienso, guayaibí, ambay, pacurí, mbaby, timbó, ybyraju, jakarati-a, etc.
También fueron identificadas numerosas especies de aves, varias de ellas endémicas del bosque atlántico interior, y una variedad aún indeterminada de reptiles y mamíferos, entre los que se destacan el agouti paca, el acutí sayju, el aguara'í, el tapití, y varias especies de armadillos, entre otros.
En la ecorreserva Mbatoví es posible encontrar desde cactus hasta orquídeas silvestres, además de una enorme variedad de helechos.